大部分检测出幽门螺旋杆菌的患者通常选择药物治疗方案，主要是四联疗法。四联疗法通常包含两种抗生素、一种质子泵抑制剂、一种铋剂。之所以选择两种抗生素，主要是为了减少细菌的耐药发生几率，增加根除的成功率。通常选择阿莫西林加克拉霉素的组合，其疗效最为确切，对于阿莫西林过敏的患者，可以考虑克拉霉素+甲硝唑或克拉霉素+左氧氟沙星等的组合，具体可以用的抗生素一般有阿莫西林，克拉霉素，呋喃唑酮，甲硝唑，左氧氟沙星等。
除了两种抗生素以外，四联疗法中还包含一种质子泵抑制剂，如奥美拉唑，兰索拉唑等，质子泵抑制剂一方面可以激活幽门螺旋杆菌，使其处于活性状态，易于被抗生素杀灭，另一方面调节胃部酸碱pH值，提高抗生素的抗菌活性。
四联用药的用药方案中还包含了一种铋剂，如胶体果胶铋，枸橼酸铋钾等都是常见的选择，铋剂能够有效的保护胃黏膜，同时对于幽门螺旋杆菌也有一定的抑制作用，合用铋剂可以提高幽门螺旋杆菌的根除率。
常用的药物配伍为阿莫西林、克拉霉素、胶体果胶铋以及奥美拉唑，用法为阿莫西林每天2次，每次1g；克拉霉素为每天2次，每次0.25g；胶体果胶铋为每天4次，每次150mg；奥美拉唑为每次20mg，每天分2次服用。
上述四种药物的组合，就是幽门螺旋杆菌根除治疗的通常用的药物组合的，医生一般会根据病人的身体情况，开具相应的处方组合来进行幽门螺旋杆菌的根除，通常两种抗生素饭后服用，而两种胃黏膜保护药饭前服用,药物疗程10~14天，疗程结束，停止服药后14天后，可以再去做碳14检查，确认幽门螺旋杆菌是否清除成功。
临床上常见到部分患者由于各种原因，不按疗程服用药物，导致幽门螺旋杆菌未能完全根除，同时不注意个人卫生，餐具消毒不彻底，幽门螺旋杆菌死灰复燃，影响患者健康。
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