不是只有肠道有细菌，人体的消化道、生殖道（女性）因为对外界联通，在无菌手术台上这些区域都是视作有菌污染区的。而只有肠道的细菌因为对人体有一些作用而被公众所周知。事实上阴道里的乳酸菌群也因为能保持阴道酸性环境而有益于女性健康，但是公众大多不知道罢了。
人的肠道不是天生就有细菌的，婴儿至少要吃到第一口母乳以后才能在肠道形成自己的肠道菌群，毕竟不管吃什么，食物上总是会有各种细菌的，只不过通过烹调等手段使得食物上的细菌数低于能引起疾病的最低要求而已。
细菌们经过消化液的洗礼，剩下的死剩种终于找到了肠道这么一个世外桃源，然后在温度、肠道pH、人体白细胞等因素的共同选择监督下，有用的益生菌因适应环境而占据更大比例，致病菌因为水土不服和白细胞的剿灭而生长受限，逐渐形成区别于外界菌群比例的独特混合菌群。而母乳喂养优于牛乳的一个原因就是牛乳因为蛋白质配比问题婴儿不易消化，形成的蛋白凝块在肠道容易引起大肠杆菌过量繁殖而不利于形成健康的肠道菌群。
所以，不是肠道环境适合细菌生长（至少不是所有的细菌）而长出细菌形成肠道菌群，而是外界各种乱七八糟的细菌通过摄食进入肠道，在肠道这个独特环境的选择作用下，形成适应肠道环境的独特菌群。
肠道里的细菌也不都是有益的。
但是当人体真的遇到大麻烦风雨飘摇之时，免疫系统再也压制不住，菌群中的安分守己派益生菌在没有人体帮助下，是无法压制致病菌群生长的。最极端的状况，就是人体失血休克后，外周循环为了优先供应心脑系统而减少肠道血供，这时候即使是平时假装安分守己的大肠杆菌也会露出狰狞的面孔，借着优势通过肠道入血造成脓毒血症。
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