首先慢性肠胃炎是指肠道有炎症而胃部也有炎症，胃肠道虽然是消化系统也是相互链接的，但是胃部炎症及肠道炎症的致病菌不同，而且胃部及肠道部分泌的消化液性质也是不同的，所以治疗也是需要分开来治，不能胡子眉毛一把抓肠胃炎。
首先导致胃炎的致病菌主要是幽门螺旋杆菌，而且这些细菌主要是存在于人体牙菌斑中，在消化液呈强酸的环境中还是能够生存，在胃粘膜层集聚，繁殖释放毒素，破坏胃粘膜导致出现水肿充血，而且也是胃癌的治病因素肠胃炎。但是导致肠炎的病菌有很多有大肠埃希菌、沙门菌、病毒、寄生虫的破坏感染导致肠粘膜损伤。
而慢性肠胃炎的主要是由于治疗不当导致一些细菌清除不完全，而且饮食不注意，所以会导致反复发作，主要表现为上腹部及下腹部的疼痛不适、反酸恶心、腹泻便秘、发热及消化不良等症状肠胃炎。
对于肠胃炎的治疗，治疗胃部炎症首先需要检测幽门螺旋杆菌，抑制胃酸分泌过多(奥美拉唑、兰索拉唑)，保护胃肠粘膜(枸橼酸铋钾、硫糖铝)加用两种抗生素(克拉霉素、阿莫西林)，但是对于肠道炎症治疗首先要做药敏试验，根据具体的细菌用药，但是常用的一些抗生素主要是(奥沙拉秦、左氧氟沙星、头孢菌素)，调整肠道菌群(益生菌、乳酸菌素片)，还需要从饮食习惯调节肠胃炎。
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