现在的医院，针对肠道菌群的状况，还没有可以使用的检查方法肠道。肠道菌群的检查方法，目前仅限于科学研究。而科学研究所用的检查方法，一般来说主要是用聚合酶链反应（PCR）测16S RNA或其他一些菌种鉴定的办法，以判断肠道菌群的组成和比例。
研究表明，肠道菌群失调可能和很多的疾病相关，包括肥胖、糖尿病、腹泻、脂肪肝、肝衰竭、消化不良和一些代谢、自身免疫等疾病，都有或大或小的联系肠道。目前这方面的研究，还仅仅处于对初步结论的判断阶段，不足以通过肠道菌群的检查来判断有没有这些疾病的风险，或者给这些疾病提供一些治疗方面的依据。
粪便移植是最近针对肠道菌群失调诊治的比较热门的领域，其原理是通过健康人的粪便进行浓缩等处理，把适当比例配置的正常菌群移植入患有相关疾病的人的肠道内，以建立正常、稳定的肠道菌群，维护人体正常的生理功能肠道。
如果想要做肠道细菌方面的检查，医院只能做粪便培养和对培养出来的细菌进行鉴定，后期的菌群组成，需要借助计算机及软件进行分析处理，这个工程是浩大而很复杂的肠道。
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